Identification de nouveaux agents antibactériens par criblage virtuel et filtrage ADME-Tox

Abstract

L'infection à Helicobacter pylori, bactérie impliquée dans de nombreuses pathologies gastriques constitue un important problème de santé publique. L'émergence croissante de souches résistantes aux antibiotiques conventionnels souligne la nécessité de développer de nouvelles stratégies thérapeutiques. Dans ce contexte, la peptide déformylase, enzyme essentielle à la maturation des protéines bactériennes et absente chez les mammifères, représente une cible thérapeutique particulièrement prometteuse. Le présent travail a pour objectif d'identifier de nouveaux inhibiteurs potentiels de la peptide déformylase de H. pylori à travers une approche de criblage virtuel basée sur le docking moléculaire à l'aide du logiciel Surflex-Dock, et associée à l'évaluation des propriétés pharmacocinétiques et toxicologiques via les plateformes SwissADME et ProTox-II 3.0.La fiabilité du protocole de docking a été validée par le test du RMSD, indiquant un taux de réussite de 74,26 %, ainsi que par l'analyse visuelle des poses de docking et l'étude de la corrélation linéaire entre les activités expérimentales et les scores d'affinité prédits (r = 0,715).Parmi les inhibiteurs étudiés, l'actinonin a présenté la meilleure affinité de liaison, avec un score de 7,06 M-¹, et a été retenue comme molécule de référence pour le criblage de 192 analogues structuraux issus de la base de données PubChem. Le composé CID_9879394 s'est distingué comme le candidat le plus prometteur, avec un score d'affinité supérieur de 8,42 M-¹. L'analyse des interactions moléculaires a révélé un mode de liaison similaire à celui de l'actinonin, impliquant plusieurs résidus clés du site actif, notamment Gln51, Ile45, Gly46, Leu97 et Glu139.L'évaluation des propriétés ADME-Tox a mis en évidence un profil pharmacocinétique et toxicologique favorable pour ce composé, caractérisé par une bonne biodisponibilité orale, le respect de la règle de Lipinski, l'absence d'inhibition prédite des principales isoformes du cytochrome P450 ainsi qu'une faible toxicité potentielle. Les résultats obtenus suggèrent que le composé CID_9879394 constitue un candidat prometteur pour le développement de nouveaux agents anti-H. pylori. Toutefois, des études expérimentales complémentaires in vitro et in vivo demeurent nécessaires afin de confirmer son activité biologique et d'évaluer son potentiel thérapeutique réel.